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笼罩在接连不断的穷凶极恶犯罪事件下的日本。没有官方设立的谍报机关的日本，对国内外的犯罪集团来说是一个极易下手、管制宽松的好地方。为了打破现状，警察厅内组建了一支名叫“k?13”的部队。k?13”的行动只有个别相关人士知道，并在档案上抹去了他们在这个世界上的存在。以被称为“Code:Mirage”的头号特务为首，“k?13”的成员需要背地里处理的不仅是穷凶极恶的犯罪事件，还有出于政治原因和社会原因不能明面解决的犯罪行为。另一方面，人们以美国的FBI为目标，力求设立类似的警察机关.
